尽管股权激励在减少代理成本、激励员工追求企业价值最大化、推动所有者与经营者利益一致性方面发挥了巨大的作用，但在实施过程中，出现了不少困难，使得现行股权激励无论在激励效果还是激励约束上均大打折扣。
1.市场场层面
第一，市场对股权激励效果的影响
中国的资本市场不像国外那样成熟，公司业绩往往不能由公司的市场表现来体现，甚至市场会出现背离的趋势。一且股市低迷就容易出现长期低迷，而一旦走强就一发不可收拾；我国的投资者也缺少成熟市场投资者的理智，容易一拥而上，使得股市的波动非常大。这样，股票的价格就不可能客观地反映出公司经营者的经营业绩，从而股票期权激励设计的客观标准也是不确定的。这使得公司在实施股权激励时存在一定的系统性风险。实践中由于市场低迷，出现了不少上市公司中止或撤销激励计划的案例，也有不少因偶发性股票上涨，导致高管非自身努力而获利的案例。
第二，激励计划推出时机的控制
《上市公司股权激励管理办法》规定，行权价格不应低于下列价格较高者：(1)股权激励计划草案摘要公布前一个交易日的公司标的股票收盘价；(2)股股权激励计计划草案摘要公布前30个交易日内的公司标的股票平均收盘价。从实践看，管理层往往对股权激励方案的推出时机进行刻意安排，即有意选择股价低迷期推出。如数据显显不示，2008年、2011年及2013年，市场走势低述时期，分别有68家、146家和188家公司推出了股权激励方案，远远高于2006年、2007年及2009年市场相对高点时推出的限权激励方案数量。
2.公司内部治理问题
作为一种长效的激励机制，股权激励必须在完善的治理结构下才能发挥应有的作用。尽管我国上市公司已经形成了由股东大会、董事会、决策管理机构和监事会组成的内部治理结构，但在实际运作中，我国上市公司普遍存在“一股独大”、股东大会职能弱化、内部人控制现象严重等问题导致现行高管薪体系和在设计股权激励方案时往往站在少部分人利益上，甚至在制订激励计划时损害股东利益，这主要体现在：
第一，股权激励行权价格的制定
从实践看，绝大多数公司倾向于在政策允许的范围内以最低价授子如以期权为激励工具的方案，绝大多数推行股权激励的公司均取政策的底线作为行权价格。以限制性股票为激励工具的，政策规定授予价格不得低于股权激励草案公告前20个交易日公司股票均价的509%；实际执行中80%的公司都是踩着政策的底线，即将股价的50%作为行权价格。导致股权激励在推出之际，相关期权工具便已严重失效，也即管理层不用付出任何努力，便可轻松获取巨额激励。从激励的角度来看，行权价格过低，起不到约束作用，违背了股权激励方案制定的初衷。
第二，股权激励行权条件的制定
《关于规范国有控股上市公司实施股权激励制度有关问题的通知)规定，业绩考核指标应包含反映股东回报和公司价值创造等综合性指标标，如净资产收益率、经济增加值(eva)、每股收益等；反映公司赢利能力及市场价值等成长性指标，如净利润增长率、主营业务收入增长率、公司总市值增长率等；反映企业收益质量的指标，如主营业务利润占利润总额比重、现金营运指数等。上述三类业绩考核指标原则上至少各选一个。股权激励有关事项备忘录3号规定：公司设定的行权指标须考虑公司的业绩情况，原则上实行股权激励后的业绩指标不低于历史水平。
从目前实践看，我国上上市公司股权激励方案当中行权条件单一。行权指标多以净利润(增长率)与净资产收益率这两个指标为主，分别占比80%和75%，而eva.，非财务指标等几平在激励方案中没有应用。而在成熟的资本市场，激励对象只有在在业绩和市值指标同时达标时，才能获得相应的激励。
第三，股权激励行权时间的制定
目前上市公司的激励方案中，很多股权授予数量基本达到上市公司股权激励政策要求的投予数量的上限，导致股权激励带有一次性的特点。此外，相关政策规定激励期限的上限是10年，实践中，只有有限的几家选择10年为激励期限，绝大多数与政策要求的最低水平持平。如所有公司股权激励方案的平均有效期限仅4.72年，除去两年的行权等待期，实际行权后的约束期不到3年，缺乏长期激励效应。
3.会计层面
股权激励的会计处理问题一直是困扰股权激励实务的重要难点之一。持别是就股权激励是否费用化，以及费用化过程中如何确定相关权益工具的公允价值等问题，在执行层面存在较大的争议。从现阶段看，由会计处理问题引发的股权激励问题主要体现在：
第一，股权激励费用冲减公司利润的问题
现行会计准则规定，对以权益结算的股份支付，企业以员工股票期权在授予日的公允价值及预计可行权数量为基础记录等待期内各期员工服务。即股权激励计入薪费用，冲减公司利润。实践中，相当一部分公司确认的股权激励费用非常高，占公司净利润相当大的比重，部分公司股权激励无法行权的原原因正是激励费用过高导致无法满足业绩行权条件。如泸州老窖计入股权激励费用的总额为3.4亿元，占2009年净利润总额的比重超过20%。海南海药则由于确认了高额的股权激励费用导致当年净利润巨额亏损。广州国光，其宣布停止实施股权激励的原因正是高额的股权激励费用导致当年净利润大幅下降，无法满足行权条件。
第二，管理层利润操纵的问题
股份支付会计是最复杂的会计处理准则之一，我国会计准则要求按授予日股票期权的公允价值计算股权激励的人账费用。在目前市场尚未推出个股期权的条件下，相关期权价值没有现存活跃的市场价格可供参为，因此，只能按照估值技术进行计量。但按照估值技术确认期权价值会导致相关价格计算不可保证。
此外，行权等待期长短的确定、授予日的确定等，都直接影响激励费用确认的金额，而这些都是目前会计准则尚未明确规定的，所有这些均为管理层操纵利润提供了巨大的空间。
4.税收层面
目前，我国股权激励税收政策主要在个人所得说和企业所得税方面对激励效果产生影响。
第一，个人所得税纳税问题
现行个人所得税法规定股权激励的纳税时点为行权日，但是，实践中，激励对象很难在行权日做到将持有的期权马上减持，导致激励收益和税基没有匹配，借钱行权已经成为了一种比较普遍的现象。如此会削弱高管及其他激励对象的积极性，迫使他们立即抛售股票来缴税，造成高管的机会主义行为，不利于鼓励长期持股，影响股权激励的长期效果。
第二，企业所得税纳税问题
2012年《关于我国居民企业实行股权激励计划有关企业所得税处理问题的公告》(国家税务总局公告2012年第18号)公布后，明确股权激后费用可以税前扣除。
但在纳税时点上，18号文规定，对股权激励计划实行后，需待定服务年限或者达到规定业绩条件方可行权的，上市公司等待期内会计上计算确认的相关成本费用，不得在对应年度计算缴纳企业所得税日时扣除。如此一来，导致税前抵扣集中发生在行权年度，也不符合费用的配比原则。
服权激励有诸多优点，也有各方面可能存在的难点，因此公司应结合自身所处的行业、发展的阶段、所处地区的市场完善程度、激励对象的特点等制定适合的股权激励方案。
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